Di Jepang kuno, ada perang konstan antara dua kasta prajurit - samurai dan ninja. Anda dalam permainan Ninja Runner akan bertarung di sisi Order of Ninjas. Karakter Anda menerima perintah dari kepala ordo untuk melakukan pengintaian di satu hutan, di mana detasemen samurai dapat bersembunyi. Pahlawan Anda dengan berani terjun ke hutan dan berlari di sepanjang jalan. Banyak bahaya dan jebakan menunggunya dalam perjalanannya. Anda mengendalikan karakter Anda harus membuatnya melompat dan tidak jatuh ke perangkap ini. Jika Anda menemui tentara musuh, Anda harus menghancurkan mereka semua dengan bantuan pedang. Hanya mengumpulkan berbagai barang yang jatuh ke jalannya.
