Dalam game Jump Box Ninja, kita akan masuk ke dunia tempat orang-orang dari kotak itu hidup. Bahkan di dunia ini ada kasta prajurit Ninja, kita akan berkenalan dengan salah satu dari mereka. Prajurit ini hari ini akan melewati rintangan mematikan untuk menjadi master seni bela diri. Anda akan melihat pahlawan Anda di layar. Dari sisi yang berbeda akan melompat tombak tajam, yang ketika menabrak karakter kita hanya membunuhnya. Anda harus dengan cekatan menebak momen dan membuat karakter melompat. Dengan demikian, ia akan terbang di atas wilayah berbahaya dan Anda akan melanjutkan.