Di masa depan yang jauh, para ilmuwan telah belajar untuk mengurangi objek ke ukuran mikroskopis. Hari ini di game Spore Hunter, mereka memutuskan untuk mengirim pilot dengan pesawat khusus untuk menjelajahi dunia mikro. Pahlawan Anda harus terbang di sepanjang rute tertentu dan menjelajahi dunia ini. Makhluk yang terdiri dari spora akan menyerang pahlawan kita. Angka-angka yang dimasukkan akan terlihat di dalamnya. Maksudnya berapa banyak hit yang Anda perlu buat pada makhluk untuk menghancurkannya. Anda dengan cerdik bermanuver di kapal Anda akan menembaknya dari senjata Anda dan menghancurkan spora.
