Ben 10 tidak asing dengan kedatangan sekelompok alien lain yang ingin memfitnah penduduk bumi. Tapi kali ini di Ben 10 Omnitrix Shadow, segalanya menjadi jauh lebih serius. Para alien dipimpin oleh seorang Ksatria dalam baju besi hitam, ia meluncurkan aliran energi ke Ben, menginfeksi pria itu dengan energi gelap. Kemudian para penyusup cepat-cepat pergi. Virus gelap telah menetap di sang pahlawan, yang seiring waktu akan mengubahnya menjadi monster jahat, seperti semua yang ada di omnitrix. Untuk memperbaiki situasi dan menyingkirkan virus, Anda perlu menemukan tiga penjahat dan menghancurkannya. Bantu karakter menjadi dirinya sendiri lagi dan cegah transformasi.
