Jepang kuno, ada kuil-kuil khusus di mana mereka menyiapkan perang seperti ninja. Anda dalam game Ninja Runs 3d buka salah satu dari mereka dan bantu satu ninja melewati berbagai jenis pelatihan. Hari ini, pahlawan Anda harus berlari di sepanjang rintangan yang dibangun secara khusus bersama dengan ninja lainnya dan sampai ke garis finish terlebih dahulu. Anda akan mengatur tindakannya. Anda harus melompati banyak rintangan, memanjat berbagai rintangan dan melakukan lebih banyak tindakan yang akan membantu ninja Anda memenangkan kontes.
