Di bagian kedua permainan Virus Ninja 2, Anda akan membantu prajurit ninja pemberani melawan berbagai virus. Sebelum Anda di layar akan ada lapangan bermain di mana berbagai bakteri akan muncul. Mereka akan bergerak ke arah yang berbeda dan dengan kecepatan yang berbeda. Untuk menghancurkannya, Anda harus menggunakan pedang. Dengan hati-hati lihat layar dan arahkan objek dengan mouse. Dengan demikian, Anda akan menyerang bakteri dan mencincangnya. Terkadang bom dapat muncul di antara benda-benda ini. Anda seharusnya tidak mengayunkannya.