Lihatlah ke Kerajaan Jamur, keadaan darurat terjadi lagi - Putri Peach diculik. Tetapi kali ini Bowser yang jahat tidak ada hubungannya dengan itu, karena itu tidak mengejutkan. Yang malang diseret pergi oleh hantu jahat dan pergi dengan sandera ke sisi gelap dari dunia yang sama sekali berbeda, bukan milik dunia tempat Mario tinggal. Tukang ledeng yang berani harus menyeberang ke dunia Minecraft dan menemukan penculiknya. Begitu berada di wilayah asing, Mario akan menjadi seperti penghuni blok dan ini tidak mengejutkan, ia tidak perlu menonjol. Bantu pahlawan di Super Mario MineCraft Runner berlari di sepanjang jalan panjang dengan rintangan mengumpulkan koin.
