Dunia penghuni jeli besar dan beragam, dan di antara mereka ada klan prajurit ninja. Mereka berbeda dari ubur-ubur biasa dengan perban hitam, sementara mereka sendiri bisa dari warna apa saja. Klan ini juga menantang Anda dalam game Jelly Ninja. Anda hanya perlu memilih mode permainan: untuk sementara atau terhadap kesalahan. Mode berjangka waktu mengasumsikan bahwa Anda bermain selama satu menit, tetapi itu bisa bertahan jika Anda menangkap jam alarm terbang. Dalam mode bebas kesalahan, Anda akan bermain sampai skala di sebelah kanan benar-benar berubah menjadi merah, dan ini akan terjadi jika Anda melewatkan sejumlah jeli sebelum Anda memotongnya. Ada banyak ninja jelly yang tidak bisa dikalahkan dengan sapuan pedang.