Benamkan diri Anda dalam dunia fisika nuklir, tetapi jangan membebani otak Anda dengan hukum dan peraturan, tugas Anda dalam permainan Subatomic Wire akan jauh lebih sederhana dan lebih sederhana. Ini tentang menciptakan atom yang stabil. Untuk melakukan ini, Anda harus menarik elektron dan proton ke sana dengan menghubungkan titik hijau dengan garis padat hitam. Ini harus melewati lapangan sedemikian rupa untuk mengumpulkan kotak biru dengan tanda minus. Pada saat yang sama, kelilingi kotak hitam sejauh mungkin, garis tidak boleh berdampingan, tetapi sejauh mungkin, sejauh area yang memungkinkan. Setelah Anda menghubungkan garis, klik segitiga di bagian bawah untuk memulai. Jika semuanya sudah benar, Anda akan pindah ke level berikutnya.
