SpongeBob bersama teman-temannya pergi mengunjungi kerajaan bawah air. Disini mereka ingin mengikuti turnamen catur. Dalam Bikini Bottom Chess Anda akan membantu SpongeBob memenangkannya. Papan catur akan muncul di layar di lapangan bermain di mana akan ada bidak putih dan hitam. Mereka akan dibuat dalam bentuk berbagai makhluk laut. Setiap bidak hanya bisa bergerak sesuai aturan tertentu. Anda dapat membiasakan diri dengan mereka dengan membaca instruksi khusus di awal permainan. Permainan kemudian akan dimulai. Tugas Anda adalah membuat gerakan dan menghancurkan bidak lawan untuk mencoba menempatkan rajanya di skakmat. Jika Anda berhasil, Anda akan memenangkan permainan.