Seorang bocah lelaki Kyoto bergabung dengan ordo rahasia para prajurit ninja. Dia dikirim ke pegunungan ke kuil khusus di mana Akademi berada, di mana semua perang awal dilatih. Hari ini pahlawan kita memiliki sesi pelatihan dan Anda akan membantunya untuk memimpinnya dalam permainan Akademi Ninja. Di depan Anda di layar, Anda akan melihat karakter Anda, yang sedang berdiri di halaman kuil. Panel khusus dengan tombol kontrol akan ditempatkan di bawahnya. Dengan bantuannya, Anda akan mengarahkan tindakan pahlawan Anda. Objek akan muncul di depannya dari berbagai sisi. Anda memimpin pahlawan harus memberikan pukulan akurat pada mereka dengan bantuan tangan atau kaki. Setiap pukulan akurat Anda akan memberi Anda sejumlah poin. Setelah melatih pukulan, Anda akan melanjutkan ke latihan berbagai teknik.
