Seorang prajurit ninja pemberani bernama Kyoto terdaftar di divisi rahasia negaranya. Tugasnya adalah melenyapkan bos-bos mafia. Hari ini di game Stealth Master 3D Anda akan membantunya melakukan berbagai tugas. Di depan Anda di layar, Anda akan melihat karakter Anda, yang berada di dalam ruangan gedung dengan senjata di tangannya. Penjaga bersenjata akan berjalan di sekitar lantai. Anda akan menggunakan tombol kontrol untuk mengontrol tindakan karakter Anda. Anda harus memastikan bahwa dia diam-diam mendekati musuh dan kemudian menusuk dengan pedangnya. Dengan demikian, Anda akan membunuh musuh dan mendapatkan poin untuk itu. Tugas Anda adalah membersihkan seluruh lantai dari penjaga dengan cara ini dan membunuh bos.
