Sekelompok kubus warna yang berbeda berkeliling dunia jatuh ke dalam perangkap. Para pahlawan menemukan diri mereka di penjara bawah tanah dan dalam permainan Zero Squares Anda harus membantu mereka keluar darinya. Sebelum Anda di layar, Anda akan melihat ruangan di mana kubus Anda akan berada. Anda dapat menggunakan tombol kontrol untuk mengontrol tindakannya. Di suatu tempat di dalam ruangan Anda akan melihat portal yang mengarah ke level permainan berikutnya. Anda harus mengambil kubus di sepanjang rute tertentu dan membuatnya masuk ke portal. Dalam perjalanan Anda, mungkin ada rintangan yang harus dilewati oleh karakter Anda.