Sampai sekarang, Mario hanya harus berurusan dengan jamur jahat, siput, dan antek-antek musuh abadi Bowser lainnya. Tapi ini hanya bunga dibandingkan dengan apa yang menantinya di Super Mario Commander. Serangan berbahaya dari luar angkasa secara tak terduga dilakukan di World of Mario. Makhluk mengerikan dan ganas, bersenjata lengkap, mendatangkan malapetaka di kerajaan yang dulu damai. Mario harus mengambil senjata yang serius dan memainkan peran sebagai pahlawan super. Dan agar dia berhasil, bantu tukang ledeng menguasai peran baru untuk dirinya sendiri. Hal ini diperlukan untuk membersihkan platform bajak laut ruang angkasa dan membawa dunia kembali ke bumi lagi di Super Mario Commander.