Semuanya berubah seiring waktu dan dunia Mario juga berubah. Jika sebelumnya semua musuh diketahui dan jumlahnya tidak banyak, sekarang mereka menjadi tersembunyi dan lebih berbahaya. Dalam Super Mario Vs Mafia, tukang ledeng pemberani kita harus menghadapi kelompok mafia besar. Secara lahiriah, ini adalah pria-pria solid berjas hitam, tetapi sebenarnya mereka adalah bandit nyata, terlebih lagi, kejam dan tanpa ampun. Bantu pahlawan menghadapi semua penjahat. Anda mungkin akan melihat senjata senjata kecil yang kuat di tangan pahlawan untuk pertama kalinya. Stok amunisi di setiap level akan berubah tergantung situasi, tetapi akan selalu kurang dari yang diperlukan. Oleh karena itu, setiap tembakan harus mencapai sasaran. Dengan satu peluru, hero ini bisa menghancurkan beberapa bandit sekaligus jika berada di lane yang sama atau dengan bantuan ricochet di Super Mario Vs Mafia.
