Air atau cairan lainnya, mengikuti hukum gravitasi, akan mengalir turun jika menemukan jalan keluar untuk dirinya sendiri, bahkan retakan kecil. Dalam Water Flow 3D, Anda harus membiarkannya mengalir dengan bebas untuk mengisi wadah persegi yang terletak di bagian bawah. Jumlah wadah akan bervariasi, tetapi Anda harus ingat bahwa hanya cairan dengan warna yang sesuai yang dapat dituangkan ke dalamnya. Untuk melakukan ini, buka penutup dalam urutan yang benar. Terkadang cairan harus dicampur, dan partisi kaca harus dipecahkan dengan bola berat di Water Flow 3D. Ada banyak tingkatan dan mereka beragam dalam menetapkan tugas.