Di dekat sebuah desa kecil yang terletak di Jepang, mayat hidup muncul. Mereka berkeliaran di sekitar pemukiman pada malam hari dan memangsa orang. Prajurit ninja pemberani Kyoto menerima perintah dari kaisar untuk menghancurkan zombie. Anda dalam game Ninja Versus Zombie akan membantu ninja dalam hal ini. Sebelum Anda di layar akan ada area di mana karakter Anda akan berada. Menggunakan tombol kontrol Anda akan mengarahkan tindakan ninja. Dia harus berlari ke depan melintasi medan dan dengan hati-hati melihat sekeliling. Sepanjang jalan, ia akan dapat mengumpulkan koin emas dan barang-barang lainnya yang tersebar di seluruh lokasi. Segera setelah Anda bertemu zombie, serang itu. Menggunakan berbagai senjata dari gudang senjata ninja, Anda akan menghancurkan zombie di game Ninja Versus Zombie dan mendapatkan poin untuk itu.
