Di bagian ketiga dari game Sonic Advance 3, Anda akan terus membantu Sonic yang pemberani dan teman-temannya melawan Dr. Evil yang gila. Orang gila ingin membangun seluruh kota di mana dia akan menumbuhkan monster. Untuk melakukan ini, dia akan membutuhkan batu Chaos. Sonic harus menemukan mereka terlebih dahulu. Sebelum Anda di layar akan terlihat karakter Anda dan pendampingnya. Menggunakan tombol kontrol, Anda akan mengontrol tindakan kedua pahlawan sekaligus. Anda harus membuat mereka bergerak di sekitar lokasi dan memeriksa semuanya dengan cermat. Cari batu dan benda yang berserakan di mana-mana dan kumpulkan. Dalam perjalanan Anda, Anda akan menemukan rintangan dan jebakan yang harus dilompati oleh pahlawan Anda. Jika mereka bertemu monster, maka karakter akan dapat melewati atau menghancurkan mereka dengan bergabung dalam pertempuran. Untuk membunuh lawan, Anda akan diberikan poin di Sonic Advance 3.
