Ke arah pemukiman kecil yang terletak di Jepang, sebuah detasemen perampok bergerak. Mereka membunuh penduduk setempat dan menjarah desa. Seorang prajurit ninja pemberani berdiri untuk melindungi penduduk setempat. Anda dalam game Phase Ninja akan membantu pahlawan melawan penjahat. Di depan Anda di layar akan terlihat area di mana karakter Anda akan berada. Unit musuh akan bergerak ke arahnya. Dengan bantuan berbagai senjata lempar dan busur dengan panah, Anda dapat menghancurkan lawan dari kejauhan. Ketika musuh mendekat, Anda menghunus pedang dan terlibat dalam pertempuran jarak dekat. Dengan menyerang musuh dengan pedang, Anda akan menghancurkan mereka dan mendapatkan poin untuk itu. Setelah kematian musuh, Anda akan dapat mengambil piala yang akan jatuh dari mereka.
