Ninja memutuskan untuk meregangkan kakinya dan berlari keliling kota mengumpulkan koin. Dalam game Ninja Runner Anda akan bertemu seorang pahlawan dan membantunya mengatur parkour kota. Tidak ada ketinggian yang tidak dapat diatasi untuk pahlawan, Anda dapat mengklik pria itu beberapa kali dan dia akan melompat ke puncak apa pun: platform, menara, dan puncak lainnya. Setelah melewati level, Anda dapat melanjutkan ke yang lain, tetapi hati-hati, di level baru akan ada hambatan tambahan berupa paku tajam yang tidak perlu Anda lompati agar tidak kehilangan nyawa. Ada semakin banyak rintangan tajam, yang berarti Anda harus sangat cepat dan gesit untuk menyelamatkan ninja dari kehilangan nyawa di Ninja Runner.
