Penguin adalah burung dan memiliki sayap, meskipun tidak ada yang pernah melihat mereka terbang. Namun, dalam permainan Flappy Penguin, penguin kita harus terbang, jika tidak, ia mungkin tertusuk di puncak menara yang tajam. Di tempat burung-burung ini hidup, tidak ada pohon, tetapi hanya gurun es atau bebatuan yang tertutup salju. Tapi tiba-tiba, entah dari mana, perangkat aneh muncul, yang diaktifkan oleh kekuatan tak dikenal. Dari atas dan bawah, pilar-pilar dengan ujung runcing tajam seperti pensil diturunkan, lalu diturunkan. Di antara pilar atau pasak inilah penguin montok di Flappy Penguin harus menerobos dan dia tidak bisa melakukannya tanpa bantuan Anda. Harap dicatat bahwa untuk melewati rintangan, Anda tidak perlu menghabiskan lebih banyak lompatan daripada yang diberikan pada level.