Bepergian melalui Galaxy, seorang peneliti bernama Tom terus-menerus menemukan berbagai artefak kuno. Agar pahlawan Anda mendapatkannya, dia harus menyelesaikan berbagai teka-teki. Anda di game Puzzle Galaxy akan membantunya dalam hal ini. Di depan Anda di layar, Anda akan melihat desain yang terdiri dari kubus. Masing-masing akan dibagi di dalam menjadi jumlah zona persegi yang sama. Di setiap zona Anda akan melihat bola dengan warna tertentu. Dengan menggunakan tombol kontrol, Anda akan memutar kubus di sekitar porosnya di ruang angkasa. Tugas Anda adalah mengatur item-item tersebut agar semua bola tersusun dalam urutan tertentu. Segera setelah Anda melakukan ini, Anda akan diberikan sejumlah poin dalam game Puzzle Galaxies dan Anda akan melanjutkan ke level game berikutnya.