Di kota yang telah lama menderita, orang-orang jahat telah kembali di Naruto 3D Game. Secara harfiah sehari sebelumnya, pahlawan kuning berurusan dengan monster Huggy dan penduduk kota menghela nafas dengan tenang, tetapi monster mainan digantikan oleh orang jahat - ninja hitam, dan hanya pahlawan yang Anda kenal baik dengan nama Naruto yang dapat menangani mereka. Seorang pria berjubah cerah dengan rambut kuning mencuat siap menyelamatkan kota sekali lagi. Di kanan atas Anda akan menemukan peta di mana bandit ditandai dengan titik merah. Gunakan panah ASDW untuk menggerakkan sang pahlawan, dan segera setelah Anda menemukan penjahatnya, hancurkan dia, seperti yang diketahui Naruto. Klik pada tombol mouse, dan sang pahlawan akan melakukan semuanya sendiri. Musuh akan jatuh jika palang di atas kepalanya menghilang di Game Naruto 3D.
