Tokoh kartun terkenal, penyelamat umat manusia, Ben Tennyson yang berusia sepuluh tahun memiliki keunggulan dibandingkan penduduk bumi lainnya karena ia dapat menggunakan jam tangan khusus yang berasal dari alien, yang dapat mengubahnya menjadi berbagai perwakilan planet lain. Namun dalam game Ben 10 Run tidak akan ada transformasi, hero akan mengandalkan kekuatan dan daya tahannya sendiri. Dia harus berlari melintasi daerah gurun terbuka, melompati berbagai rintangan. Alasan pelariannya adalah hilangnya sepupunya Gwen. Anda harus melakukan semuanya dengan cepat tanpa membuang waktu, jadi Anda harus membantu sang pahlawan melompati rintangan dan mengumpulkan kristal di Ben 10 Run.
