Rune memainkan peran besar dalam berbagai ritual dan upacara magis, tetapi tidak semua orang bisa membaca tanda dan menguasainya. Dalam The Runic Conjecture, Anda dan karakter balok batu akan berpindah dari satu lokasi ke lokasi lain, membuka sebuah gerbang. Agar bisa terbuka, Anda harus mengaktifkan semua batu dengan prasasti dan menggabungkannya menjadi satu. Temukan batu dengan simbol rahasia yang bersinar dan mulailah dengan itu. Anda harus menemukan kombinasi yang memungkinkan rune terhubung dengan yang sama di prasasti lain. Sebuah rantai harus terbentuk yang akan membuka kunci dan membukanya di The Runic Conjecture.