Di Ben 10: Brains vs Bugs Anda harus membantu alien hijau yang lucu untuk membebaskan teman-temannya yang diculik. Di depan Anda, karakter Anda akan terlihat di layar yang akan ditempatkan di lokasi tertentu. Dengan menggunakan tombol kontrol, Anda akan memandu tindakannya. Pahlawan Anda harus berjalan di sepanjang rute tertentu, mengatasi berbagai jebakan dan bahaya lainnya. Dalam perjalanannya, dia akan mengumpulkan koin emas dan item berguna lainnya yang akan memberi Anda poin dalam game Ben 10: Brains vs Bugs dan dapat memberikan karakter berbagai macam bonus. Selain itu, karakter Anda harus melawan serangga yang menghalangi jalannya.
