Tidak ada yang membantah pencapaian Teenage Mutant Ninja Turtles dan Power Rangers, namun mereka tidak dapat bersepakat di antara mereka sendiri dan masing-masing kelompok mengklaim lebih unggul. Untuk mengetahui siapa yang terbaik, para pahlawan memutuskan untuk mengatur pertarungan di antara mereka sendiri dan mereka akan dimulai segera setelah Anda memasuki game Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash. Anda memilih petarung yang akan menjadi yang pertama memasuki arena. Setelah serangkaian pertempuran, hanya satu pemenang yang tersisa. Tidak ada yang mewajibkan Anda melakukan root untuk seseorang, Anda memilih pahlawan untuk diri sendiri dan akan mempromosikannya, membantu mengalahkan semua saingan di Teenage Mutant Ninja Turtles VS Power Rangers: Ultimate Hero Clash.
