Kiamat bisa terjadi karena berbagai sebab, di dalam game Apocalypse Run kamu akan membantu hero yang berada di tengah kiamat yang muncul akibat pemberontakan mesin. Kecerdasan buatan, yang penampilannya sangat ditunggu dan dikagumi karena perkembangannya yang cepat, memutuskan bahwa sekarang tidak membutuhkan orang. Apalagi mereka malah merugikan, karena mereka melakukan segala kesalahan, sering berperilaku tidak rasional, merusak lingkungan dan membunuh jenisnya sendiri. Keyakinan yang kuat telah terbentuk di benak mesin bahwa manusia adalah kejahatan utama di planet ini dan harus dihancurkan. Maka dimulailah penghancuran sistematis umat manusia, dan pahlawan Apocalypse Run ingin menghindarinya dan Anda akan membantunya melawan robot.
