Beberapa prototipe dibuat di Matrix, dan salah satunya, nomor 09435, ternyata yang paling sukses. Ini adalah bocah digital yang mulai berkembang dengan cara yang luar biasa dengan cepat dan tak lama kemudian dia ingin menjelajahi dunia luar. Dia menemukan cara untuk meninggalkan matriks dan melanjutkan perjalanannya ke Prototype Guy. Pencipta memutuskan untuk tidak mengganggu pria itu, mereka meminta Anda membantunya beradaptasi, mengatasi rintangan. Anda harus melompati paku tajam dan robot persegi. Omong-omong, robot bisa dihancurkan jika Anda melompat tepat di atasnya. Jika kendala tersebut tidak diatasi, hero tersebut akan memulai dari awal lagi di Prototype Guy.
