Ninja tersebut baru saja kembali dari pendakian dan memutuskan untuk mengunjungi biara asalnya, tempat dia belajar dan guru favoritnya, yang memberinya banyak pengetahuan dan mengajarinya cara mengendalikan tubuh dan jiwa. Dia mendapati para bhikkhu dalam keadaan putus asa dan frustrasi. Sehari sebelumnya, samurai merah menyerang biara dan mencuri koleksi batu kuno dengan rune. Ini adalah batu suci yang telah disimpan di biara selama berabad-abad. Pahlawan kita bersumpah untuk mengembalikan semua yang dicuri dan segera memulai perjalanannya. Bantu pahlawan di Ninja Run memenuhi misi sucinya. Ninja akan berlari, dan Anda akan membantunya melompati rintangan dan musuh tepat waktu, mengumpulkan batu.
