Agar karakter piksel dapat mencapai kristal hijau dengan aman di setiap level game Boxed Boxes, Anda harus pintar dan menggunakan pemikiran logis. Pahlawan berada dalam kotak yang dibatasi oleh garis putus-putus, dan di ruang kecil yang sama di sebelah pahlawan terdapat kubus yang terbuat dari bahan yang tidak diketahui. Kubus ini, bersama dengan bingkai titik-titik, akan terus menemani sang pahlawan dan membantunya mengatasi rintangan tinggi yang tidak dapat dilompati oleh sang pahlawan. Terserah pada Anda untuk berhasil menggunakan kubus dan ruang minimalnya untuk mencapai hasil akhir dalam Kotak Kotak.