Dalam perang saat ini, penekanannya adalah pada teknologi modern dan rudal dengan jangkauan berbeda mempunyai nilai khusus. Mereka menjadi lebih akurat dan destruktif, dan Anda harus mengendalikan beberapa jenis rudal di Boom Missile 3D. Tugasnya adalah mencapai target di pulau itu. Intelijen melaporkan, dan para partisan menyesuaikan targetnya. Yang harus Anda lakukan hanyalah mengarahkan misil dan bermanuver, karena musuh akan mencoba menembak jatuhnya dengan cara apa pun. Segala sesuatu yang terbang ke arah Anda adalah ancaman, bahkan balon yang tidak berbahaya sekalipun. Menghindari dan bergerak menuju target hingga terjadi ledakan bada besar. Di setiap level Anda akan mencapai target dengan tingkat kesulitan yang berbeda-beda di Boom Missile 3D.