Di bagian kedua dari game Pandemic 2, Anda akan melanjutkan misi Anda untuk menghancurkan seluruh umat manusia sebagai pandemi mematikan. Permainan dimulai dengan Anda memilih jenis penyakit: virus, bakteri, atau parasit. Anda kemudian akan memilih titik awal untuk infeksi Anda. Dari sana Anda harus menyebarkan penyakit Anda ke seluruh dunia. Dengan menyebarkannya ke seluruh dunia, Anda dapat menyembuhkan penyakit Anda dan membuat orang tidak menderita karenanya. Modifikasi virus Anda secara terus-menerus sehingga umat manusia tidak dapat menemukan obatnya. Jadi secara bertahap Anda akan menghancurkan seluruh populasi planet ini di game Pandemi 2
