Migrasi burung adalah migrasi tahunan burung ke daerah yang lebih hangat. Saat musim gugur tiba, banyak spesies burung menuju ke selatan untuk bertahan hidup di musim dingin. Bebek adalah salah satunya, dan dalam permainan Anda akan membantu seekor bebek mengatasi penerbangan yang sulit. Tapi pertama-tama Anda harus memilih karakter dari pahlawan yang dihadirkan dalam game: Pam, Mac, Paman Dan, Gwen dan Dax. Salah satu dari mereka akan mematuhi kendali Anda. Plot Migration Flappy Duck adalah burung Anda tertinggal di belakang kawanannya. Ketika semua kerabatnya terbang, sayapnya rusak, tetapi sekarang sudah sembuh dan Anda dapat mencoba mengejar kawanannya untuk terbang bersama. Namun pertama-tama Anda harus mengatasi banyak rintangan dan mengepakkan sayap Anda sekuat tenaga tanpa henti di Migration Flappy Duck.
