Di setiap level, beberapa pahlawan dengan level yang sangat berbeda akan muncul di depan Anda. Mereka bisa saja laki-laki atau perempuan biasa, pahlawan super, dan sebagainya. Di awal Persona Runner Anda akan melihat seorang peserta yang darinya Anda harus membuat apa yang ditunjukkan kepada Anda sebelum lari. Pahlawan harus mengumpulkan sesuatu yang akan meningkatkan warna merah atau biru pada skalanya. Pertama, Anda memutuskan warna mana yang harus mendominasi dan hanya mengumpulkan apa yang membuatnya tumbuh. Jika levelnya di garis finis lebih dari setengah skala di atas kepala pahlawan, Anda akan menyelesaikan level tersebut. Dan pelari yang rendah hati akan berubah menjadi pahlawan yang brilian di Persona Runner.
