Pabrik produksi animatronik telah lama ditutup, tetapi selusin penjaga telah menghilang di sana dan sesuatu perlu dilakukan untuk mengatasinya. Diputuskan untuk menutup pabrik, menyegelnya rapat-rapat. Tapi pertama-tama Anda perlu melakukan pembersihan, menghancurkan sisa-sisa animatronik, jika ada. Dalam game FNAF Shooter, Anda mempersenjatai diri dengan dua pistol sekaligus dan mengunjungi bengkel. Kejutan menanti Anda: ternyata ada lebih banyak mainan jahat dibandingkan sebelum pabrik tutup. Selama ini mereka diam-diam telah melakukan reproduksi diri dan di setiap level animatronik akan muncul di hadapan Anda satu per satu. Hanya punya waktu untuk menembaknya di FNAF Shooter.
