Hujan neon yang aneh menimpa kota dalam Neon Rain. Fenomena ini terjadi pada larut malam dan sebagian besar warga kota tidak memperhatikan apapun. Namun konsekuensinya mulai terlihat beberapa saat kemudian. Di jalanan di gang-gang gelap yang tidak ada penerangan, siluet manusia bercahaya yang aneh muncul. Mirip dengan hantu. Awalnya, mereka menakuti orang yang lewat di malam hari, namun kemudian mereka mulai berperilaku agresif dan kasus pembunuhan yang disebabkan oleh manusia neon menjadi lebih sering terjadi di berbagai belahan kota. Seorang tentara bayaran dikirim untuk menangani makhluk aneh dan sekarang berbahaya ini. Pada saat itu, orang-orang neon juga telah mempersenjatai diri, sehingga pertempuran di Neon Rain akan hampir seimbang.
