Pahlawan dari game Murder Case Clue 3D adalah seorang anak laki-laki bernama Tom yang menyukai cerita detektif. Dia telah membaca semua karya tentang Sherlock Holmes dan Hercule Poirot dan tahu persis akan menjadi apa dia nanti ketika dia besar nanti. Pria itu sudah lama bermimpi untuk menyelidiki kejahatan nyata. Tapi siapa yang mengizinkannya, karena dia masih remaja. Namun, hidup terkadang membawa kejutan. Ketika teman-temannya mengundang anak laki-laki itu untuk menghabiskan akhir pekan bersama mereka di rumah pedesaan, dia tidak tahu bagaimana akhir pekannya. Sesampainya di alamat yang ditentukan dan menemukan rumah yang diinginkan, sang pahlawan menemukannya kosong. Semua temannya pergi untuk memberikan keterangan kepada polisi karena telah terjadi pembunuhan di rumah tersebut. Meskipun tidak ada seorang pun di sana, anak laki-laki itu memutuskan untuk menyelidiki kejadian tersebut. Tidak ada yang akan menghentikannya mencari bukti, dan Anda akan membantu dengan cepat mengungkap kebenaran dalam Petunjuk Kasus Pembunuhan 3D.
