Mafia di Jepang disebut Yakuza dan merupakan organisasi kriminal yang sangat serius yang beroperasi di luar hukum menurut aturannya sendiri. Jika dia membutuhkan sesuatu, dia mengambilnya, tidak peduli kehidupan dan kebutuhan orang-orang yang menghalanginya. Samurai vs Yakuza memperkenalkan Anda kepada seorang samurai yang ingin menyelamatkan desanya. Para bandit menyukainya karena kuil kuno yang terletak di wilayahnya. Di kuil ini terdapat beberapa patung berharga yang ingin dimiliki oleh kepala Yakuza. Pahlawan kita menghalangi seluruh pasukan mafia dan, dengan bantuan Anda, akan menghalau serangan perampok berjubah hitam di Samurai vs Yakuza.
