Munculnya kekuatan super bukan berarti seseorang otomatis menjadi pahlawan super. Masih belum diketahui bagaimana dia bisa menggunakan kekuatannya; sangat mungkin dia akan pergi ke sisi gelap dan kemudian dia akan menjadi penjahat. Kebanyakan pahlawan super memperoleh kemampuan mereka melalui eksperimen atau pengaruh eksternal. Tokoh utama dalam game Superhero Girl Escape sakit parah dan menyetujui sebuah eksperimen, sebagai hasilnya dia memperoleh kemampuan luar biasa dan pulih. Departemen militer menjadi tertarik padanya dan gadis itu disandera tanpa bisa bebas. Anda harus membantunya melarikan diri di Superhero Girl Escape.
