Ninja muncul di Jepang abad pertengahan dan bertugas sebagai mata-mata, pengintai, dan penyabot pengintai. Mereka mengenakan pakaian gelap, menutupi wajah dan kebanyakan beroperasi pada malam hari, bergerak tanpa suara dan menyelesaikan tugas yang diberikan. Semua ninja menguasai seni ninjutsu. Intinya, ninja adalah jenis prajurit yang digunakan dalam operasi khusus, seperti pasukan khusus Jepang. Hero dalam game Ninja Speed Runner juga diserahi misi rahasia sehingga ia bergerak dengan cepat. Senjata rahasia terbang ke arahnya, yang harus dia hindari dan Anda akan membantunya dalam hal ini, memaksa pahlawan untuk melompat atau merunduk di Ninja Speed Runner.
