Saat menyelidiki kasus lain, pahlawan permainan Mystery Subway Escape 2, detektif Michael, menemukan pintu masuk rahasia ke stasiun kereta bawah tanah yang ditinggalkan. Hanya sedikit orang yang tahu tentang mereka. Kita tidak berbicara tentang terowongan teknis, tetapi tentang stasiun-stasiun yang pernah beroperasi, tetapi karena satu dan lain hal ternyata ditutup dan tidak diklaim. Masih ada beberapa perlengkapan, barang dan barang tertinggal disana yang tidak dibuang begitu saja karena mungkin masih berguna. Di sanalah pahlawan kita akan mencari bukti, dan kemudian jalan keluar, karena pintu tempat dia masuk dikunci oleh seseorang di Mystery Subway Escape 2. Rupanya mereka mengawasinya dan memutuskan untuk menyingkirkan detektif yang teliti itu.
