Pahlawan game Counter-Strike: Reboot, dengan bantuan Anda, akan mengambil bagian dalam dua belas misi. Karena kontennya dirahasiakan, tujuan akan terungkap saat Anda menyelesaikan misi sebelumnya. Yang pertama disebut Alpha dan tugas Anda adalah mengusir serangan teroris yang ingin merebut markas Anda. Pada misi lain Anda harus melakukan tugas lain, seperti: membebaskan sandera, menghancurkan basis teroris, membersihkan ranjau, dan sebagainya. Semua misi dibatasi waktunya, Anda harus menyelesaikan masalah dengan cepat dan efisien di Counter-Strike: Reboot.
