Setelah pahlawan game Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak menderita kerabatnya akibat tindakan kelompok mafia, dia memulai jalur perang dan memutuskan untuk membalas dendam. Bagi seorang ninja, ini adalah suatu kehormatan. Selesaikan level dengan menyelesaikan tugas. Para bos mafia akan mengerahkan seluruh persenjataan mereka untuk membela diri. Sebelum serangan berikutnya, sebaiknya pikirkan dan pilih jenis senjata yang lebih cocok. Ninja tidak lagi hanya mengandalkan ketangkasannya saja. Menghancurkan mafia memerlukan pendekatan yang lebih serius. Pahlawan harus lari untuk berlindung. Lalu kamu bidik dan secara otomatis ninja tersebut akan menembak Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak.
