Petualangan Mario berlanjut di Super Mario Flash 2. misi sebelumnya untuk menyelamatkan Putri Peach berhasil, namun sang pahlawan tidak perlu berpuas diri terlalu lama. Putri malang itu diculik lagi dan kali ini dilakukan oleh seekor naga. Dia menempatkan tawanan di menara dan menuntut penyerahan penuh dari Kerajaan Jamur. Mario belum sempat istirahat, tapi melanjutkan perjalanan lagi. Kali ini dia harus menghadapi lebih banyak musuh, mereka akan menyerang secara berbondong-bondong. Cepat dan lincah saat melompat ke kepala musuh dan menghancurkan mereka di Super Mario Flash 2.
